Latvijas neatkarības pirmajos gados Jelgavas futbols bija viens no spēcīgākajiem jaunajā valstī, un 1923.gadā, kad notika pirmā Latvijas meistarības izcīņa, Jelgavas Kurzemes Riteņbraucēju biedrības futbola komanda izcīnīja otro vietu cīņā par provinces meistaru titulu. Pirmajā sacīkstē pret Liepājas LNJS vienību Riteņbraucēji spēja nospēlēt neizšķirti 1:1, bet atkārtotajā spēlē liepājnieki izrādījās galvas tiesu pārāki un uzvarēja ar 8:0.
Arī sekojošajos gados Jelgavas futbola sasniegumi bija pietiekami labi - par Jelgavas futbola flagmani izvērtās pilsētas 1. sporta biedrības (1.SB) futbola komanda, kas vairākus gadus izcīnīja Zemgales meistara titulu (pārspējot tādu pilsētu kā Bauska, Sloka komandas). Tiesa, par provinces meistariem kļūt Jelgavas futbolistiem tā arī neizdevās - Cēsīm un Liepājas komandas bija labākas.
Jelgavas futbolā šajos Latvijas futbolam tomēr vēl pavisam agrīnajos gados galvenā zvaigzne bija komandas centra uzbrucējs Lūris, kuru atbalstīja standartsituāciju meistars Biedriņš, Šaubergs, Rubengailis un aizsardzības balsti - brāļi Arvīds un Arnolds Tioni.
1926.gadā, kad Latvijas čempionāta finālturnīrs notika pēc jaunas sistēmas, proti cīņā starp novadu un Rīgas meistariem, Jelgavas 1.SB vienība kā Zemgales meistare kļuva par vienu no šī pirmā īstā vislatvijas turnīra dalībnieci. Finālturnīrā Jelgavas komanda kopumā nospēlēja pietiekami veiksmīgi. Pirmajā spēlē ar 9:1 tika sagrauts Vidzemes čempions - Valkas sporta biedrība. Kā nākamā jelgavniekiem stājās pretī Latvijas spēcīgākā vienība - RFK. Lai arī JSB spēlēja bez sava līdera Lūra un malējā uzbrucēja Rezterova, tā pat pirmā izvirzījās vadībā (ar Biedriņa gūtiem vārtiem), tālāk gan par spīti Alberta Šeibeļa noraidīšanai no laukuma RFK uzņēma apgriezienus un beigās uzvarēja ar 6:3, taču jelgavnieki kļuva par vienīgo vienību, kas šajā turnīrā spēja pārspēt RFK vārtsargu Arvīdu Jurgenu. arī zaudējums pret Liepājas "Olimpiju" ar 1:4 būtu Jelgavas komandai ienesams aktīvā. Taču sāpīgais zaudējums ar 2:5, kas tika piedzīvots pret Daugavpils ASK, lika vilties Jelgavas futbolistiem un līdzjutējiem, jo šajā spēlē faktiski izšķīrās čempionāta trešās vietas liktenis, un tā rezultātā pirmās medaļas Latvijas čempionātā Jelgavas futbolisti spēja izcīnīt vien vairāk kā 60 gadus pēc šī zaudējuma Daugavpils futbolistiem.
Tā kā 1927.gadā tika izveidota Virslīga un reģionālās sacensībās pārvērtās par kvalifikāciju cīņai par tiesībām spēlēt Virslīgā. Zemgalē ilgus gadus Jelgavas komandas bija nepārspējamas - līdz pat 1933.gadam tās nemainīgi ieguva novada meistara titulu (gandrīz katru gadu šis tituls tika Liepājas 1. sporta biedrībai, bet 1929.gadā par Zemgales meistaru kļuva cita Jelgavas komanda - ASK). No Zemgales meistaru statusa Jelgavas futbolistiem nācās šķirties 1934.gadā, kad par novada labāko komandu kļuva Ventspils "Spars". Divus gadus pēc kārtas Zemgales meistarībā uzvarēja ventspilnieki, bet 1936.gadā - atkal Jelgavas komanda, šoreiz ar kā Jelgavas "Latvju jaunatne". Zemgales meistaru tituls, protams, Jelgavai nebūtu nekas grandiozs, taču šoreiz beidzot izdevās gūt arī lielākus panākumus. Proti, jelgavnieki veiksmīgi turpināja spēlēt arī cīņās ar citu zonu komandām un beigās "Latvju jaunatnes" cīņā ar Rīgas "Latvijas sporta biedrību" - ilggadīgu Virslīgas dalībnieci. Pateicoties vienīgajiem A.Dombrovska gūtajiem vārtiem, Virslīgā iekļuva "Latvju jaunatnes" komanda.
Šī Jelgavas komanda, kas izcīnīja tiesības spēlēt Virslīgā, bija jau gluži cita vienība nekā tā, kas divdesmitajos gados dominēja Zemgales futbolā. Malā bija nogājuši brāļi Tioni, Biedriņš, Melders, brāļi Šteinbergi, Šaubergs, viņu vietā stājās J.Grablovskis, R.Abramovičs, L.Kalsons, V.Bitte, V.Freimanis, J.Jefimovs. Nākamajā gadā Jelgavas futbolistiem, kas bija paspējuši no "Latvju jaunatnes" pārvērsties par 16. Jelgavas Aizsargu pulka Sporta klubu (16.JAPSK), nācās piedzīvot daudz smagu zaudējumu - sezonas garumā komanda Virslīgā nespēja izcīnīt kaut vienu vienīgu punktu un vairumā spēļu piedzīvoja smagas sagrāves. Taču pēc pirmā riņķa no turnīra savu dalību atsauca Ķuzes komanda (kura savstarpējā spēlē jelgavniekus bija "samalusi" ar 7:1), un līdz ar to vietu Virslīgā Jelgavas komanda saglabāja. Komandas labākais vārtu guvējs Lantrēvics šajā sezonā guva vien trīs vārtus, vēl pa diviem vārtiem sasita Bārs, Freimanis, Grablovskis un Dombrovskis.
Otro sezonu Virslīgā Jelgavas komanda aizvadīja veiksmīgāk, pa reizei atņemot punktu otrās un trešās vietas ieguvējām - Rīgas ASK un RFK, taču sezonas beigās pēdējām trim Virslīgas komandām - Rīgas "Hakoah" un "Universitātes sportam", kā arī 16.JAPSK punktu skaits tabulā bija vienāds, un to starpā notika cīņa par tiesībām saglabāt vietu Virslīgā. Pirmajā spēlē Jelgavas komanda spēlēja pret US 1500 skatītāju klātbūtnē. Jau pirmajā puslaikā US ieguva pārliecinošu pārsvaru - 4:1, otrajā puslaikā komandas apmainījās vārtu guvumiem, līdz ar to spēle beidzās ar rezultātu 5:2 Rīgas komandas labā (jelgavniekiem vārtus guva Freimanis un Havens). Pēc Jelgavas komandas zaudējuma arī pret "Hakoah" ar 2:7 (APSK labā vārtus guva Dombrovskis un Grablovskis) kļuva skaidrs, ka no vietas Virslīgā jāatvadās tieši Jelgavas vienībai un rīdzinieki savā starpā pat varēja vairs nespēlēt.
Kad 1942.gadā tika atjaunota Virslīga un pirmspadomju sporta klubu struktūra, Jelgavas Sporta Biedrības komanda kļuva par vienu no sešām Virslīgas dalībniecēm. Meistarības izcīņa notika vienā riņķī, līdz ar to katra komanda aizvadīja vien piecas spēles. Jelgavnieki startēja pārsteidzoši, proti, pārspēja divus vājākos Rīgas klubus - "Latvijas dzelzceļnieku biedrību" un "Daugaviešus", bet piedzīvoja zaudējumus pret trim labākajām vienībām - ASK, Liepājas "Olimpiju", RFK un tikai papildu rādītāju dēļ piekāpās RFK cīņā par trešo vietu. Šīs Virslīgas komandas rindās spēlēja tādi futbolisti kā Novickis, Dreifuss, Veilands, Šķiņķis, Karlsons, Abramovičs, Ansons, Slaveiks, Lešinskis, Azovskis, Muižnieks.
1943.gada Virslīgā jelgavniekiem tik labi negāja - septiņu komandu konkurencē sestā vieta, pieci zaudējumi un neizšķirts pret pavisam vāji spēlējušo Dzelzceļnieku biedrību. Pēdējā "vācu" Virslīgas sezonā, kura gan netika pabeigta, Jelgavas komanda tajā nespēlēja.
Otrajā Pasaules karā Jelgava cieta ļoti smagi, un pēckara gados daudz lielāka prioritāte bija pilsētas, nekā tās futbola atjaunošana. Līdz ar to Jelgavā augstākās līgas futbols ilgāku laiku nebija redzams. Pirmajos gados pēc kara Jelgavā pat nebija standartiem atbilstoša futbola laukuma, līdz ar to gaidīt kādus labus rezultātus no Jelgavas "Daugavas" (kurā gan Latvijas pilsētā tolaik nebija futbola komandas "Dinamo" vai "Daugava"?) nevarēja. Komanda spēlēja zonas sacensībās, tās rindās bija gan Virslīgā rūdītie Ansons, Dombrovskis, Grinfelds, Freimanis, gan arī gados jaunāki futbolisti. Taču četrdesmito gadu beigās - piecdesmito sākumā Jelgavas komanda nebija pat spēcīgākā savā rajonā, šo godu atdodot Dobeles futbolistiem. Taču pamazām Jelgavas futbols sāka savas pozīcijas atgūt - 1949.gadā tika izcīnīts pirmais pēckara tituls zonā, bet 1951.gadā Jelgavas komanda ar nosaukumu "Latvenergo" pat spēlēja republikas 21 labākās komandas turnīrā par tiesībām cīnīties par čempionāta medaļām. Tiesa, labi rezultāti izpalika - savā grupā "Latvenergo" ieņēma pārliecinošu pēdējo vietu.
Gadu no gada ne pārāk strauji, bet tomēr Jelgavas futbols gāja uz priekšu, un piecdesmito gadu otrajā pusē Jelgavas komanda ar iespējami vienkāršu nosaukumu "Jelgava" spēlēja jau republikas B klases turnīrā. No pieredzējušākajiem spēlētājiem šajā komandā vajadzētu izcelt vārtsargu Ķinci, bet uzbrukumā komandā darbojās tādi vīri kā Petrovs, Kozlovs, Serjakovs. 1959.gadā kopā ar "Rīgas auduma" un Rēzeknes komandām Jelgava iesoļoja augstākajā līgā.
Treneru Auziņa, Kresa un Jansona vadītā komanda "A" klases turnīrā izrādījās acīmredzami lieka. Komandas vārtsargiem Fogelim un Vītolam darba bija gandrīz neierobežoti daudz, bet bumbu no tīkla nācās ņemt laukā vidēji četras reizes katrā spēlē. Vienīgo punktu "Jelgava" ieguva savā laukumā pret otru turnīra vājāko vienību - Rīgas "Dinamo", pateicoties Rjabova un Krasovska vārtu guvumiem. Sezonas beigās no "A" klases nācās atvadīties.
Nākamo reizi A klasē Jelgavas futbolistiem izdevās atrādīties 1963.gadā, kad tur spēlēja komanda ar nosaukumu "Autokolonna". 26 spēlēs tika izcīnīti 12 punkti, priekšpēdējā vieta un atkal no A klases nācās atvadīties. Tajā trīs gadus vēlāk iekļuva "BKR", kas 1966.gadā uzrādīja vienu no labākajiem līdzšinējiem rezultātiem Jelgavas futbola vēsturē - ieguva piekto vietu republikā. Šīs komandas līderi bija V.Kuņejevs, V.Štaņko, tāpat no sešdesmito gadu Jelgavas komandas futbolistiem jāpiemin V. un A.Lomakinus. Tomēr nākamā, 1967.gada sezona atkal bija neveiksmīga - atkal jau jelgavnieki čempionātā bija priekšpēdējie un atkal jau nācās pārcelties uz B klasi. Pirms pēdējās kārtas Jelgavai bija vienāds punktu skaits ar Kuldīgas "Vulkānu", taču kamēr kuldīdznieki savā pēdējā spēlē ar 5-0 sagrāva Rīgas RRR, tikām Jelgava piedzīvoja zaudējumu 0-1 Daugavpilī un no A klases atvadījās.
Sekojošajos gados Jelgavas komanda "Automobilists" ar mainīgām sekmēm spēlēja republikas B klasē, lielākais panākums šajos gados bija republikas kausa ¼ fināla sasniegšana septiņdesmito gadu sākumā, kur spēcīgā Rīgas VEF vienība vien ar 2-1 spēja pārspēt jelgavniekus. Šajos gados ar labiem panākumiem spēlēja Jelgavas Bērnu Jaunatnes Sporta Skolas (BJSS) jaunieši trenera G.Jansona vadībā, vairāki spēlētāji tika iekļauti republikas jauniešu izlasēs, bet vēlākos gados tieši šie kādreizējie jaunieši tā paša G.Jansona vadībā (Jansons bija ilggadīgs Jelgavas galvenās komandas treneris) iekļāvās Jelgavas pieaugušo komandā, kura vispirms uzvarēja "B" klasē, bet vēlāk - veiksmīgi spēlēja arī "A" klases sacensībās.
Tas notika 1976.gadā, kad par B klases uzvarētāju kļuva Jelgavas Mašīnbūves rūpnīcas komanda "Metālists", izcīnot tiesībai Jelgavai pēc desmit gadu pārtraukuma atkal būt pārstāvētai A klases turnīrā. Dalība A klases turnīrā izdevās veiksmīga - 14 komandu konkurencē tika iegūta 7.vieta, turklāt lielu sezonas daļu "Metālists" bija čempionāta līderu vidū.
Arī kopumā septiņdesmitajos gados futbola popularitāte Jelgavā bija liela - notika pilsētas čempionāts un kausa izcīņa, kur piedalījās desmit komandas (tajā kādu laiku spēlēja arī vairāki Brocēnu "Starta" futbolisti). Līdz ar mikroautobusu rūpnīcas RAF darbības izvēršanu Jelgavā šajā rūpnīcā izveidojās spēcīga futbola komanda, kas septiņdesmito gadu vidū trīsreiz pēc kārtas uzvarēja pilsētas čempionātā un divas reizes - pilsētas kausā. Tai skaitā 1977.gada Jelgavas kausa finālā RAF pārspēja A klases dalībnieki - "Metālista" vienību. Tāpat labas komandas bija Latvijas Lauksaimniecības Akadēmijai, 6.Autokombinātam, Celtniekiem, arī Sporta skolai.
Tā kā RAF komanda acīmredzami bija pāraugusi pilsētas čempionāta līmeni, 1978.gadā tā tika iekļautas republikas čempionāta B klasē, kur jau pirmajā sezonā izcīnīja 4.vietu. Komandas nosaukums bija "Automobilists", tā treneris bija J.Buharinovs. Nākamajā gadā "Automobilists" B klasē ieņēma 7 vietu, kamēr "Metālists" A klasē - 8.vietu (komandas labākais uzbrucējs V.Rumjancevs šajā sezonā guva 13 vārtus).
Taču šajā laikā Jelgavas Mašīnbūves rūpnīcai, kuru pārstāvēja "Metālists", radās finansiālas grūtības komandas uzturēšanā un 1979./1980.gada ziemā abas labākās Jelgavas komandas apvienojās rūpnīcas VEF paspārnē zem vienotā nosaukuma "Automobilists".
Līdz ar astoņdesmito gadu sākumu "Automobilistā" sāka ieplūst arvien vairāk iebraucēju no citām padomju republikām, bet vietējo spēlētāju īpatsvars samazinājās. Arī vairāki labākie jelgavnieki pārgāja uz citām vadošajām republikas komandām. Mikroklimats komandā bija tāls no ideāla un rezultāti pakāpeniski pasliktinājās - 1980. un 1981. gados tika izcīnīta 7.vieta, 1982. - 12. no 16 komandām, 1983. - 11. no 14 komandām, bet 1984.gadā "Automobilists" vispār tika izslēgts no A klases turnīra. Turklāt pie vainas tik ļoti nebija pat sliktie rezultāti, bet gan čempionāta nolikuma neievērošana.
Trīs gadus "Automobilists" spēlēja "Vārpas" čempionātā (kas bija aizstājis B klases turnīru), pirmajās divās sezonās - bez īpašiem panākumiem, bet 1987.gadā "B" klases turnīra III zonā tika izcīnīta pirmā vieta un tiesības spēlēt finālturnīrā. Tajā spēlē par pirmo vietu gan tika piedzīvots zaudējums 11 metru soda sitienos pret Ilūkstes "Zemgali", taču vieta A klasē tāpat tika nodrošināta.
1988.gadā Jelgavas futbolam pienāca patiesi pārsteidzoši laiki - RAF pirmā komanda trenera Ribas vadībā tika uzaicināta spēlēt PSRS čempionātā, bet otrā komanda, kurā par treneri bija uzaicināts Viktors Ņesterenko no Rīgas "Celtnieka" - republikas A klases turnīrā. Lai arī komandā bija sapulcēts labs spēlētāju sastāvs, kurā netrūka gan vietējo futbolistu, gan tādu, kas bija pārnākuši no Rīgas komandām, taču droši vien tās kļūšana par 1988.gada Latvijas čempioni bija pamatīgs pārsteigums. Iepriekšējā sezonā jelgavnieki bija spēlējuši B klasē, un pat piekāpušies Ilūkstei, bet tikai gadu vēlāk RAF bija Latvijas čempioni, bet Ilūkstes "Zemgale" ar īzcīnīto 13.vietu ar grūtībām saglabāja vietu A klasē. Lai arī visā sezonas garumā RAF nezaudēja vienu spēli, cīņa par titulu tomēr bija ļoti spraiga, un sezonas noslēgumā Rīgas "Torpedo" tika apsteigts par vienu vienīgu punktu. Lai arī RAF rindās nebija tik individuāli spēcīgu uzbrucēju kā VEFa Zeltiņš, "Gaujas" Bacis, Rīgas "Celtnieka" Jakovļevs vai "Jūrnieka" Juropovs, taču RAF trumpju vidū bija pārliecinošā aizsardzība un arī Hščanovičs un Minalta spēja gūt pietiekamu skaitu vārtu. Arī Latvijas kausā šajā gadā RAF atnesa pirmo uzvaru Jelgavai.
Kamēr RAF otrā komanda Ņesterenko vadībā lielisku gadu aizvadīja Latvijas A klases turnīrā, tikām jaunizveidotā RAF meistarkomanda PSRS čempionātā kļuva par neapšaubāmu turnīra pastarīti. Vladimira Ribas trenētā vienība sezonas 34 spēlēs piedzīvoja 24 zaudējumus, ielaižot vairāk vārtu nekā visi tās konkurenti (73). Arī uzbrukumā komandai nevedās - tās labākie vārtu guvēji Jakimovs un Pāvels Trubačs katrs spēja gūt vien piecus vārtus. Komandas sastāvs pēc Latvijas standartiem bija pietiekami labs - vārtus sargāja Andris Catlaks, aizsardzībā spēlēja Igors Troickis, Gatis Ērglis, O.Ziborovs, jaunais Mihails Zemļinskis, komandā bija arī Aleksandrs Stradiņš, Igors Šuļženko, Vladimirs Babičevs un Dmitrijs Horoļskis.
1989.gadā RAF izdevās nosargāt Latvijas čempionu titulu, turklāt visas sezonas garumā īpaši neradās šaubas par RAF pārākumu pār citām čempionāta dalībniecēm. Komandas uzbrukuma līderis Andrejs Aizazars kļuva par līgas labāko vārtu guvēju, komandas vārtsargs Žegalovs tika atzīts par labāko līgā, tāpat savās pozīcijās tika par labākajiem atzīti RAF aizsargs Hščanovičs un pussargs Zakrevskis. PSRS čempionātā jelgavnieku rezultāti arī bija nedaudz labāki kā gadu iepriekš, turklāt turnīra tabulā izdevās apsteigt Liepājas "Zvejnieku". Par komandas labāko vārtu guvēju ar 7 vārtiem kļuva aizsargs Gatis Ērglis, sešus vārtus iesita Babičevs, bet piecus - Kosolapovs, kas vēlākos gados spēlēja dažādās Krievijas augstākās līgas komandās.
1990.gadā RAF bija viena no sešām Latvijas komandām, kas piedalījās jaunizveidotajā Baltijas līgā. Arī tajā jelgavnieki apliecināja, ka Latvijas klubu vidū viņiem sevišķas konkurences nebija un kā vienīgie spēja daudz maz līdzvērtīgi cīnīties ar labākajām Lietuvas komandām. Sezonas noslēgumā tika izcīnīta 8.vieta 17 komandu konkurencē, kas pats par sevi varbūt nebija diez ko liels sasniegums, taču pārējās Latvijas komandas bija izteiktas turnīra pastarītes. Sezonas gaitā no meistarkomandas trenera vietas tika atstādināts V.Riba un to ieņēma Latvijas čempionu treneris Ņesterenko, kura vadībā savā PSRS čempionāta 2.līgas zonā komanda ieņēma augsto ceturto vietu (tai bija vienāds punktu skaits ar trešās vietas ieguvēju Ivanovas Tekstiļšik), šajā gadā komandai bija izdevies ne vien savest kārtībā spēli aizsardzībā, bet arī uzlabot sniegumu uzbrukumā - Šarando bumbu pretinieku vārtos ieraidīja 15 reizes (piektais rezultāts visā līgā), bet Ilmārs Verpakovskis savā vienīgajā sezonā jelgavnieku rindās - 13 reizes.
1991.gadā RAF pamatā cīnījās vienā frontē - PSRS čempionātā, bet otrā komanda spēlēja Latvijas B līmeņa turnīrā, kurā arī fenomenālus panākumus neguva. Toties savā PSRS čempionāta zonā RAF bija pavisam netālu no pirmās vietas izcīnīšanas. Sezonas beigās tika ieņemta gan tikai trešā vieta, taču faktiski tam tāpat bija ļoti neliela loma, jo neatkarīgās Latvijas apstākļos spēlēt citas valsts čempionātā RAF vienībai nebija nekāda pamata. Komandas labākais vārtu guvējs Kosolapovs (19 vārti pēdējā sezonā - 2.rezultāts līgā) atgriezās Maskavas "Spartakā", bet meistarkomandas kodolu, uzsākot pirmo Latvijas čempionātu, lielā mērā izdevās saglabāt, līdz ar to 1992.gada Virslīgā RAF bija galvenā favorīte. Ņesterenko gan bija aizbraucis uz Ivanovo-Frankovsku, bet savā vietā viņš bija atstājis vienu no savulaik izcilākajiem Latvijas čempionāta uzbrucējiem - Aleksandru Dorofejevu.
Visas sezonas garumā Latvijas čempionātā notika sīva cīņa starp RAF un Rīgas "Skonto", un sezonas beigas abas komandas sasniedza ar vienādu punktu skaitu, kas nozīmēja vienu - čempiona titulu izšķiršanu "zelta" spēlē. Izšķirošajā spēlē mazliet spēcīgāki izrādījās rīdzinieki - viņi praktiski visu spēles laiku atradās vadībā un izcīnīja uzvaru ar rezultātu 3-2, RAF rindās vārtus guva Zariņš un Zujevs. Arī Latvijas kausa ceturtdaļfinālā rafiešus pārspēja tieši "Skonto", līdz ar to kopumā šī sezona Jelgavas futbola līdzjutējiem sagādāja daudz vilšanās. Tas, ka rafieši Konstantīns Igošins un Oļegs Aleksejenko tika atzīti attiecīgi par labāko Virslīgas vārtsargu un pussargu, bija mazs mierinājums, gluži tāpat kā lielā Jelgavas komandas spēlētāju pārstāvniecība atjaunotajā Latvijas futbola izlasē.
Pēc sezonas šķīrās RAF un Dorofejeva ceļi - komandas vadība atteicās pildīt trenera izvirzītās prasības, kā rezultātā 1993.gada sezonai RAF komandu gatavoja tās iepriekšējā gada pāridaritājs - bijušais Skonto treneris Marks Zahodins, taču visai drīz viņu šajā postenī nomainīja A.Kokarevs, bet sezonas vidū par RAF treneri tika nozīmēts Vasīlijs Ivanovs. Tieši pēdējā vadībā RAF izcīnīja uzvaru Latvijas kausā - pateicoties 75.minūtē Kozlova gūtajiem vārtiem tika pārspēta Rīgas "Pārdaugava". Čempionātā gan tika izcīnīta tikai trešā vieta (sliktāk aizvadītu savstarpējo spēļu dēļ RAF piekāpās Rīgas "Olimpijai"). Jelgavniekiem akūti pietrūka uzbrukumu noslēdzēja - ja komandas labākais vārtu guvējs Aivars Pozņaks spēja gūt vien sešus vārtus, cīnīties ar "Skonto" bija praktiski neiespējami. Bija šajā sezonā arī kāda pavisam traģiska nots - komandas gados jaunā aizsarga Romāna Abžinova nāve.
1994.gadā RAF atkal ieguva otro vietu, lai arī Skonto sastādīt nopietnu konkurenci tai nebija pa spēkam, ar 13 vārtiem rezultatīvākais komandas spēlētājs bija Modris Zujevs. Komandas spēlējošais treneris bija Vasīlijs Ivanovs. 1995.gadā komandā no ārzemēm atgriezās Armands Zeiberliņš, un tā atkal bija otrā aiz Skonto. Taču šīs bija pēdējās medaļas, ko Jelgavas futbols spēja iegūt.
Pēc sezonas RAF komanda atradās uz izjukšanas robežas - iznīkusī rūpnīca to vairs atbalstīt nevarēja un arī Jelgavas pilsēta uzturēt Virslīgas komandu nevarēja atļauties. 1996.gadam komandu gan izdevās saglabāt, taču komanda lielā mērā tika izveidota no nulles un pieraksta vietu mainīja no Jelgavas uz Rīgu. Tajā gan palika vairāki bijušie RAF spēlētāji - Oļeiņiks, Čumakovs, Dolgopolovs, Vasilijs Ivanovs, Mastjaņica, Bogdans, Sergejevs un Švans, taču komanda spēlēja Rīgā un līdz ar to arī 1996.gada "Universitātes"/RAF izcīnītais Latvijas kauss bija Rīgas un nevis Jelgavas futbola panākums, tikām Jelgavā futbols pavisam iznīka, jo eksistēt bija pārstājusi arī Jelgavas 1.līgas komanda - "Dialogs".
Uz gadu futbols no Jelgavas pazuda pilnībā - pat 2.līgas reģionālajos turnīros nepiedalījās neviena pilsētas komanda. 1997.gadā tika izveidots FK Jelgava, kas Otrās līgas centra grupā ieņēma pēdējo vietu. 1998 - ?
2000.gadā "Viola" uzvarēja 2.līgas Kurzemes zonas turnīrā un spēlēja turnīrā par pāreju uz 1.līgu. Tajā tika iegūta 2.vieta, piekāpjoties Sedas "Akorai" un līdz ar to vieta augstākā līmenī netika iegūta, taču vietu 1.līgā nākamajā gadā piešķīra citai Jelgavas komandai - jaunizveidotajai RAF vienībai.
2001.gadā RAF 1.līgā ieguva 4.vietu, kamēr Viola 2.līgas Kurzemes zonā - tikai sesto. 2002. RAF bija piektā, Viola - otrā (nu jau Zemgales zonā). 2003.gadā 1.līgā spēlēja abas Jelgavas vienības. Rezultātā arī vietas tā ieņēma viena otrai blakus - RAF bija septītā, bet Viola astotā. Pēc sezonas abas komandas tika apvienotas, izveidojot FK Jelgava.
Kopš 2004.gada FK Jelgava lēnām, bet mērķtiecīgi iet uz to, lai atgūtu pilsētai vietu Virslīgā. 2008.gadā visticamākais šis mērķis vēl sasniegts netiks, bet gribētos cerēt, ka tuvākajos gados Latvijas ceturtajā lielākajā pilsētā atkal notiks Virslīgas spēles.
Autors izsaka lielu pateicību par palīdzību raksta tapšanā Arnim Ērmanim. Šis ir tikai ieskats, ne pilna Jelgavas futbola vēsture. Autors būs pateicīgs lasītājiem par jebkādiem komentāros izteiktiem papildinājumiem un precizējumiem.